5、收录期刊数量不同

《总览》核心期刊表收录期刊总数1798种，其中生物科学类44种，医药卫生类223种。《统计源期刊》收录期刊总数1576种，其中生物科学类51种，医药卫生类423种。223种生物医学期刊既是《总览》中确认的核心期刊，又是统计源期刊。两者在特种医学、耳鼻咽喉、皮肤、神经病学与精神病学、肿瘤学、儿科、妇产科、口腔医学、外科、皮肤与性病等学科类目中所收刊种完全一致。

6、出版周期不同

《总览》每4年出一新版，出版时间比数据统计大约滞后2.5年，反映期刊变化不够及时。《统计源期刊》每年更新，能够较快反映期刊发展动态

3.7、对综合性学科与边缘性、交叉性学科期刊评价效果不同

由于《总览》是分学科评价的，因此综合性和交叉学科期刊会因为刊载的论文学科分散而难以进入核心期刊表。2000年版开始通过增加综合性学科类目，将综合性期刊分散在各学科的数据汇总一起进行评价，产生综合性核心期刊表，较好解决了综合性期刊问题。但边缘性、交叉性学科的优秀期刊进不了核心区的问题仍未能很好解决。

《统计源期刊》选择入选期刊时给新兴学科和高技术学科一定考虑，并适当照顾期刊的地区性。