由于不同学科之间的SCI期刊很难进行比较和评价，中国科学院国家科学图书馆世界科学前沿分析中心（原中国科学院文献情报中心），针对目前SCI期刊的影响因子等因素，以年度和学科为单位，对SCI期刊进行4个等级的划分，每年10月份发布最新年期刊分区数据。SCI期刊中科院JCR分区查询方式：可以微信搜索小程序“中科院期刊分区”。大类学科：医学、生物、农林科学、环境科学与生态学、化学、工程技术、数学、物理、地学、地学天文、社会科学、管理科学及综合性期刊，共13个大类。小类学科：13个大类下面又分出176个具体的不同学科类别。特别注意的是，一本期刊只可属于一个大类学科，但是一本期刊却可以属于多个不同的小类学科。例如期刊Advanced Materials，只属于“工程技术”的大类学科，但具体可进一步细分为5个小类学科。中科院期刊分区依据也是基于一个期刊的影响因子，但是采用的是三年平均影响因子，优点是减少了有些期刊影响因子逐年波动较大带来的不稳定因素。具体方法：根据13个大类学科，分别将各大类的SCI期刊由3年平均影响因子划分为1区（最高区）、2区、3区和4区四个等级。中科院分区的1区到4区的期刊数量不等，呈金字塔状分布，前5%为该类1区、6%～20%为2区、21%～50%为3区，其余为4区。中科院分区表的大类分区中还会遴选出一些优秀的Top期刊，2015年以前top期刊遴选规则如下：大类1区期刊直接划入Top范围内；2区中2年总被引频次指标位于前10%的期刊也归入Top期刊集合。2015年，在上述定量测度规则的基础上新增同行评议的考量因素。对于少数期刊，尽管不在上述定量方法划分出来的top期刊的范围中，但经过科学共同体评议，被认为是高学术影响力期刊，直接被采纳加入top期刊；2016年扩大top期刊范围，小类1区期刊设置为top期刊。汤森路透JCR的Journal Ranking没有设置大类学科，只分为176个具体学科，也就是中科院分区表中所指的小类学科。Journal Ranking以当年的影响因子为基础，每个学科分类按照期刊当年的影响因子降序排列，平均分为Q1、Q2、Q3和Q4四个区，Q表示Quartile in Category（学科分区）。汤森路透分区中期刊的数量是均匀分为四个部分，前25%为该类1区、26%～50%为2区、51%～75%为3区，其余为4区。
